İlkokul öğrencisi Keita Amano'nun merakı, başka her çocuğunun yaşı kadar masumdur. Ancak bir gün ormanda daha derinlere girmeye karar verdiğinde, küçük ve gizemli bir kapsülle karşılaşır. Derinliklerinden dışarı Whisper geliyor. 190 yıl hapis cezasından sonra, bu hayalet benzeri yaratık, birisinin onu özgür bırakacak kadar nazik davrandığına sevindi. Keita'yı doğaüstü güçlere karşı koruyucusu haline getirerek ödül vermeye karar verir. Whisper dünyadaki pek çok Youkai'den biridir ve Keita'ya, diğer tüm Youkai'leri görmesini ve onunla etkileşime girmesini sağlayan özel bir Youkai Watch'u sağlar. Youkai WatchKeita, Whisper ve Jibanyan'ın kedi ruhu Jibanyan'ı izlerken Youkai ile karşılaşırlar, onlarla arkadaş olurlar, sık sık neden oldukları sıkıntıları giderirler ve saatin yardımıyla daha önce karşılaşmış olan Youkai'nin güçlerini onlara yardım etmek için kullanırlar. Young Keita, ilk kez Youkai ile karşılaştığı sıradan bir ilkokul öğrencisiydi, ancak keşiflerini takip eden birçok maceraya, kendisine büyümesine yardımcı olan değerli deneyimler ve değerli yaşam dersleri veriyor.